MTsN 6 Blitar memiliki 4 Wakamad untuk mendampingi Kepala Madrasah dalam rangka mengembangkan MTsN 6 Blitar. Terdiri dari Waka Bidang Kurikulum, Kesiswaan, Humas, dan Sarpras.
Wakil Kepala Madrasah
Madrasah Adiwiyata, Madrasah Literasi, Madrasah Ramah Anak, dan Madrasah Batik Nasional